Hola de nuevo,

ya hace unas semanas que no nos vemos, y eso tiene que acabar.

Hoy os traigo un post sobre la «Genómica», una rama de la Biología Molecular que se encarga del estudio a gran escala del ADN de vuestras células y, en general, de las de cualquier ser vivo.

Se trata de un sistema de cartografía de nuestra información codificada, de forma que los investigadores especializados en la materia puedan mediante comparación ver qué sitios de nuestro ADN están activos (Genes) o cuáles se dedican a regular nuestra actividad, o incluso, aquellos que de momento tienen una función desconocida, el llamado «ADN Basura».

Síntesis de Proteínas desde Genes

El concepto que va siempre asociado a genómica es el de Secuenciación.

Compañías y Protocolos de Secuenciación

La secuenciación consiste en diferentes experimentos, que han evolucionado durante el tiempo para permitir saber cuál es la sucesión de bases de ADN (las famosas ATCG,que formaban la palabra GATACCA en esa estupenda película) y de, esa manera poder comparar a posteriori cuáles son las zonas (que se llaman Locus) que dan lugar a futuras proteínas o cuales pueden modular la expresión.

Es por ello, que el conocimiento de diferentes métodos de Data Mining (es decir, la obtención de datos útiles de un gran volumen de datos de trabajo) es lo más urgente en esta disciplina.

Para ello, muchos investigadores recurren a un software estadístico conocido como R (http://www.r-project.org/), donde, a partir de datos básicos (que en la jerga investigadora se conoces como «raw data») permiten la comparación de diferentes secuencias para ver, similitudes en la estructura, funcionamiento o divergencia evolutiva, es decir, como una misma proteína (por ejemplo un anticuerpo) tiene una secuencia de ADN que en un 95% es similar entre un ser humano y a lo mejor, un lagarto. Lo cual no hace sino apoyar las teorías evolutivas de la vida.

En esta imagen se puede ver como se comparan secuencias en el algoritmo BLAST.

En esta imagen se puede ver como se comparan secuencias en el algoritmo BLAST.

La genómica actual no se podría entender sin internet ni sin la informática, es por ello, que un gran número de empresas biotecnológicas incluyen entre sus servicios esta disciplina, que entre otras aplicaciones, puede ayudar en el diagnóstico de enfermedades genéticas hereditarias.

Ahora, me gustaría terminar con algunos ejemplos prácticos de estas plataformas de investigación:

1. PLAZA: una plataforma de estudio genómico para plantas, muy útil para investigadores en Ingeniería Agronómica, Bioquímica o Botánica (http://plaza.psb.ugent.be/)

2. USCS Genetical Bioinformatic: una muy completa plataforma de análisis para muy diferentes estudios con una larga carta de servicios (http://genome.ucsc.edu/)

Para más información, aquí tenéis la información con la que he hecho este post:

  • http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-13-341.pdf
  • https://www.genome.gov/18016863
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1240089/
  • Quail et al. BMC Genomics 2012 13:341  doi:10.1186/1471-2164-13-341 (Imagen)

 

 

 

 

 

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